Тем временем оказалось, что использованные при написании чернила представляют собой раннюю модификацию железо-галловых чернил. Обычно подобные чернила изготавливаются посредством смешения железного сульфата и дубильных кислот, традиционно добываемых из чернильных орешков — наростов на листьях дуба, имеющих паразитический характер. Однако выяснилось и другое: в состав чернил, примененных для написания Кодекса Чакос, входили также сажа и смола гуммиарабик, однако отсутствовала сера, широко использовавшаяся при изготовлении железно-галловых чернил вплоть до начала XVII века.

Первоначально это поставило ученых в тупик, однако вскоре ими было обнаружено французское исследование коптских брачных и земельных документов III--IV вв. н. э., проведенное в начале XX века, однако не получившее популярности в научном сообществе.

В частности, там говорилось, что использованные при написании подобных документов чернила содержали мало серы либо не содержали ее вовсе вследствие того, что вместо нее зачастую использовалась медь.

Затем ученые отправились во Францию, где в лаборатории при Лувре смогли взять образцы искомых чернил. После исследования их химического состава и сопоставления с образцами, взятыми из Евангелия Иуды, они пришли к выводу, что

чернила абсолютно одинаковы по химическому составу, что позволяет говорить о полной аутентичности всего Кодекса Чакос.

Коптская копия – греческий оригинал

Несмотря на то что доказательство аутентичности рукописи само по себе является непростым и трудоемким делом, ученые смогли прийти еще к одному интересному открытию: по их мнению,

использованные для написания Кодекса Чакос чернила являются недостающим звеном — переходным вариантом между античными угольными чернилами и средневековыми железо-галловыми.

Получается, что при изготовлении этих чернил происходило смешение компонентов, которые предназначались для создания разных видов чернил: так, сажа и смола гуммиарабик не нужны при изготовлении железо-галловых чернил.

Джозеф Барэйб поделился своими переживаниями с «Газетой.Ru»:

«Это было самое волнующее исследование в моей жизни! Я не мог спать ночами — мы созванивались с коллегами в 5 часов утра и пытались найти ответы на интересующие нас вопросы. А когда мы нашли образцы чернил, и они совпали с нашими, у нас у всех камень с души свалился – мы почувствовали невероятное умиротворение! Хотя никто из нас и не сомневался, что манускрипт не является подделкой».
Стоит отметить, что аутентичность документа пытались доказать, используя множество методов, среди которых метод микроскопии в поляризованном свете, растровая электронная микроскопия, а также автоэлектронная эмиссия для увеличения получаемого изображения и спектроскопия характеристических потерь энергии электронов для анализа элементов. Не обошли стороной и применение просвечивающей электронной микроскопии, метода дифракции рентгеновских лучей, а также инфракрасной спектроскопии с фурье-преобразованием вкупе с рамановской спектроскопией.
Тем не менее доказательство аутентичности манускрипта не открывает главной его загадки: оригинал был написан на греческом, а до нашего времени дошел только перевод на коптский язык.

Поэтому довольно сложно судить, насколько соотносятся коптская версия и греческий оригинал.
Однако, как и в случае с использованием арабских переводов греческих философов в качестве первоисточников, остается либо поверить, либо не поверить в оригинальность представленных переводов. Споры же о истинности описанных в Евангелии событий имеют к науке довольно отдаленное отношение.